O Acaia Pantanal nasceu em 2008, quando o Instituto Acaia estendeu suas atividades abrindo uma filial em Corumbá-MS com o objetivo de contribuir para o desenvolvimento humano e social do Pantanal por meio de ações educativas integradas à preservação do bioma. Atua por meio de uma escola rural de Ensino Fundamental I, que é o centro de diversas atividades sociais e ambientais que envolvem os moradores da região.

O Acaia Pantanal é membro da RPCSA – Rede de Proteção e Conservação da Serra do Amolar, que representa a união de esforços de instituições privadas, governamentais e organizações da sociedade civil para atuar de forma conjunta na proteção da região da Serra do Amolar.